psychedelic boredom

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November 20, 2022
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When several hours have passed since you started to analyze the pile of images you acquired the last time, you sometimes start to play a little bit to make it a little more fun. The first step of every image analysis is adjusting the brightness and contrast to ensure all your regions and signals of interest are there. If you are bored enough, with some adjustments in the color palette, the brightness/contrast, and adding a threshold, you end up with psychedelic neurons like this.

In the photo: Rat hippocampal primary culture 14 DIV, expressing the green fluorescent sensor protein called "GCaMP5". Image is the sum of a Z-stack by the standard deviation operation, with the Lookup Table "Spectrum" from ImageJ software.

Photo captured at: Advanced Scientific Equipment Network (REDECA), Faculty of Medicine, University of Chile, Santiago, Chile.

Technology used: Spinning Disk microscope (PerkinElmer) with a 40X 1.2 N.A. water objective, diode laser illumination system from Omicron.

Cuando pasas horas y horas analizand la pila de imágenes que has estado acumulando, a veces, empiezas a jugar un poco para hacerlo más divertido. El primer paso en todo análisis de imagen es ajustar el brillo y el contraste para asegurarte que todas tus regiones y señales de interés están ahí... y si estás lo suficientemente aburrido, con algunos ajustes en la paleta de colores, además del brillo/contraste y añadiendo ciertos umbrales de intensidad, terminar con una neurona psicodélica como esta.

En la foto: cultivo primario hipocampal de rata, 14DIV, expresando la proteína y sensor fluorescente verde llamada "GCaMP5". La imagen es una suma de un Z-stack operado por desviación estándar, con Lookup Table "Spectrum" del software ImageJ.

Foto capturada en: Red de Equipamiento Científico Avanzado (REDECA), Facultad de Medicina, Universidad de Chile, Santiago, Chile.

Tecnología usada: Microscopio de disco giratorio (PerkinElmer) con un objetivo de inmersión en agua 40X 1,2 A.N., sistema de iluminación con láser diodo de Omicron.

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